Afin de récupérer le corps de Ruby et la réveiller, Jio et ses amis arrivent au Quartier Général de Stea accompagné de Mei qui s'est jointe au voyage en cachette. Une fois arrivé, ils doivent affronter une série d'adversaires redoutables, dont Tsubame le frère disparu de Mei, qui a réussi à ouvrir son troisième, faisant ainsi l'acquisition d'une force surhumaine. Mais Tsubame n'a plus l'air d'être lui-même et ne semble pas reconnaître sa sœur, qu'il attaque sans hésitation.
Ball décide de lui donner une leçon, pendant que Jio et Cross affrontent Michael, la sephiroth n°6, l'ange de la beauté, et que Kirin et Amidaba se battent contre Towaf Longinus, un de leurs anciens frère d'armes, resté au service de Stea.
La confrontation avec Amaterasu Miko, grande prêtresse de Stea, approche...