Alexandrie, 1883. Un navire marchand en provenance de Calcutta arrive dans le port de la cité égyptienne. Outre sa cargaison d'étoffes, il transporte un dangereux passager clandestin, invisible à l'oeil nu : le microbe du choléra.
Depuis Paris, Louis Pasteur dépêche sur place un groupe de jeunes scientifiques chargés de découvrir le microbe avant le Dr Robert Koch (le chercheur allemand qui a identifié l'année précédente le bacille de la tuberculose), lequel a également rejoint Alexandrie. Il en va de l'honneur de la France. L'équipe se compose de Louis Thuillier, d'Émile Roux et du vétérinaire Edmond Nocard, accompagnés de Marcus, leur assistant. Selon les instructions de Pasteur, ils installent leur laboratoire dans l'enceinte de l'Hôpital européen et se mettent au travail.
Rapidement, ils font la connaissance de plusieurs notables alexandrins, parmi lesquels le docteur Malina, un juif dont la famille vit là depuis trois siècles. Sa fille Este, dix huit ans, d'abord indifférente aux recherches des Français, finit par leur proposer son aide. À force de côtoyer Louis Thuillier, elle se met à envisager un avenir à ses côtés, tout en éprouvant une furieuse envie de comprendre les subtilités du monde microscopique qu'il lui fait découvrir. Cependant, l'épidémie continue ses ravages, alors que les travaux des deux équipes concurrentes stagnent.
Puis peu à peu, la rémission s'annonce, les décès se font plus rares, le danger semble s'éloigner et les chercheurs, moroses et découragés, voient le microbe leur échapper : pour Thuillier, Roux et Nocard, un retour en France est donc imminent. Et Louis espère bien repartir en compagnie d'Este...
Les Eaux de la colère mêle de façon subtile histoire et fiction. Cette fresque minutieuse de l'Alexandrie cosmopolite de la fin du XIXe siècle propose une reconstitution documentée de l'épi démie qui frappe alors la ville. Le récit, dans lequel le microbe du choléra est un personnage à part entière, prend des allures de roman policier. Dans lequel rebondissements, attente, découragement, espoirs ne sont pas sans évoquer une certaine actualité...